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Gestion partagée, gestion directe : à qui s’adresser pour vos fonds européens ?

Gestion partagée (~70 %), directe (~20 %) ou indirecte (~10 %) : comprenez les 3 modes, qui gère quoi, et comment déposer votre dossier selon le programme visé.


Gestion partagée vs gestion directe

En bref – ce que vous devez retenir

  • Deux modes dominent : la gestion partagée (~70 % du budget UE) et la gestion directe (~20 %) – ils déterminent votre interlocuteur, votre plateforme de dépôt et la langue de votre candidature.
  • Gestion partagée = vous contactez votre autorité de gestion régionale ou nationale (conseil régional, DGEFP…), vous déposez votre dossier en français sur une plateforme nationale (Synergie, Ma démarche FSE).
  • Gestion directe = vous candidatez directement auprès de la Commission européenne ou de ses agences exécutives, en anglais, sur le Funding & Tenders Portal (ec.europa.eu/info/funding-tenders).
  • Gestion indirecte (~10 %) = fonds délégués à des entités tierces (BEI, FEI, organisations internationales) – rarement accessible directement aux porteurs de projets classiques.
  • Le mode de gestion est fixé par le règlement propre à chaque programme : il ne se choisit pas, il se constate.

Pourquoi ce choix change tout pour votre candidature

La distinction entre gestion partagée et gestion directe des fonds européens n’est pas un détail technique réservé aux juristes. C’est ce qui détermine concrètement à qui vous envoyez votre dossier, dans quelle langue vous le rédigez, sur quelle plateforme vous le déposez, et avec quels partenaires vous devez vous associer.

Deux porteurs de projets avec des ambitions similaires – disons, deux associations qui veulent financer un programme de formation – peuvent se retrouver à candidater à des guichets totalement différents. L’une s’adressera à son conseil régional pour un appel FSE+. L’autre montera un consortium transnational et soumettra un dossier en anglais à l’EACEA (European Education and Culture Executive Agency) dans le cadre d’Erasmus+. Même finalité, procédures sans aucun point commun.

Comprendre le mode de gestion avant de candidater, c’est éviter de perdre des semaines à préparer un dossier pour le mauvais guichet.


Les 3 modes de gestion des fonds européens

Le Règlement financier UE (2018/1046) définit trois modes de gestion, aux articles 62 (gestion indirecte), 63 (gestion partagée) et 50 (gestion directe) :

  • Gestion directe : la Commission européenne gère elle-même, via ses services ou ses agences exécutives – sans intermédiaire national.
  • Gestion partagée : la Commission délègue l’exécution aux États membres et à leurs autorités désignées, qui sélectionnent les projets et signent les conventions.
  • Gestion indirecte : la Commission délègue à des entités tierces – organisations internationales, Banque européenne d’investissement (BEI), Fonds européen d’investissement (FEI), agences nationales.

Cet article développe les deux premiers modes, qui concernent la très grande majorité des porteurs de projets français, et mentionne brièvement le troisième.


La gestion partagée : l’UE délègue aux États et aux régions

Comment ça fonctionne

La Commission fixe les règles du jeu : règlements, objectifs stratégiques, enveloppes budgétaires par État membre. Elle ne gère pas les projets individuels.

Ce sont les autorités de gestion (AG) – organismes désignés par chaque État membre – qui prennent le relais. En France, les conseils régionaux sont autorités de gestion pour la plupart des programmes FEDER (Fonds européen de développement régional) et FSE+ (Fonds social européen +) régionaux. L’État central (DGEFP, MASA…) assure cette fonction pour certains programmes nationaux.

L’AG publie les appels à projets, instruit les dossiers, signe les conventions de subvention et contrôle l’utilisation des fonds. Le porteur de projet n’a jamais affaire directement à la Commission européenne.

Quels fonds sont en gestion partagée ?

Ces fonds représentent environ 70 % du budget UE 2021-2027 :

FondsIntitulé complet
FEDERFonds européen de développement régional
FSE+Fonds social européen +
Fonds de cohésionFonds de cohésion (États membres dont PIB/hab. < 90 % moyenne UE)
FEADERFonds européen agricole pour le développement rural
FEAMPAFonds européen pour les affaires maritimes, la pêche et l’aquaculture
FTJFonds pour la transition juste

Comment candidater en gestion partagée ?

  1. Identifier l’autorité de gestion compétente : votre conseil régional pour les programmes FEDER et FSE+ régionaux, ou un ministère pour les programmes nationaux.
  2. Consulter les appels à projets publiés sur le site de l’AG ou sur la plateforme régionale dédiée.
  3. Préparer le dossier selon le cahier des charges de l’appel – chaque appel a ses propres critères d’éligibilité et de sélection.
  4. Déposer sur la plateforme dédiée : Synergie (FEDER), Ma démarche FSE (FSE+), ou les portails régionaux selon votre région.
  5. Attendre l’instruction et la convention : l’AG instruit votre dossier, notifie sa décision et signe la convention de subvention si votre projet est retenu.

La langue de travail est le français pour tous les programmes français. Les porteurs typiques sont les collectivités territoriales, les associations, les PME locales, les organismes de formation et les structures d’insertion.


La gestion directe : la Commission gère elle-même via ses agences

Comment ça fonctionne

Dans ce mode, la Commission européenne – ou l’une de ses 6 agences exécutives – est directement responsable de toutes les étapes : publication de l’appel à propositions, évaluation par des experts indépendants, signature des accords de subvention, contrôle et paiements.

Pas d’intermédiaire national. Le porteur de projet s’adresse directement à Bruxelles, via le Funding & Tenders Portal.

Quels programmes sont en gestion directe ?

ProgrammeAgence exécutiveBénéficiaires typiques
Horizon Europe – ERC (bourses recherche fondamentale)ERCEA (European Research Council Executive Agency)Chercheurs individuels
Horizon Europe – MSCA, infrastructures de rechercheREA (Research Executive Agency)Universités, laboratoires, consortiums
Horizon Europe – EIC, soutien PME innovantesEISMEA (European Innovation Council and SMEs Executive Agency)PME innovantes, startups
Horizon Europe – LIFE, énergie, mobilité, climatCINEA (European Climate, Infrastructure and Environment Executive Agency)ONG, entreprises, collectivités
Erasmus+, Europe Créative, CERVEACEA (European Education and Culture Executive Agency)Établissements éducatifs, associations, ONG
EU4Health, Digital EuropeHaDEA (European Health and Digital Executive Agency)Acteurs santé et numérique

Comment candidater en gestion directe ?

  1. Consulter le Funding & Tenders Portal (ec.europa.eu/info/funding-tenders) : tous les appels à propositions en gestion directe y sont centralisés.
  2. Créer un compte et enregistrer votre organisation : validation via EU Login et obtention d’un numéro PIC (Participant Identification Code), obligatoire pour toute candidature.
  3. Trouver l’appel à propositions correspondant à votre projet et lire attentivement le programme de travail (Work Programme).
  4. Constituer un consortium si requis : la majorité des appels Horizon Europe collaboratifs et Erasmus+ exigent au moins 3 partenaires issus de 3 pays membres différents.
  5. Soumettre le dossier en ligne avant la deadline – les dépôts hors délai ne sont jamais acceptés.

La langue de travail est majoritairement l’anglais. Les porteurs typiques sont les universités, les centres de recherche, les grandes entreprises et les consortiums transnationaux.

Un point de calibrage important : le taux de succès d’Horizon Europe tourne autour de 12-15 % en moyenne sur l’ensemble des appels. La concurrence est élevée à très élevée. Préparer une candidature solide prend plusieurs mois.


La gestion indirecte : un troisième mode à connaître

La gestion indirecte représente environ 10 % du budget UE. La Commission délègue l’exécution budgétaire à des entités tierces : organisations internationales (ONU, Banque mondiale), pays tiers, ou encore la BEI (Banque européenne d’investissement) et le FEI (Fonds européen d’investissement).

L’exemple le plus connu est InvestEU : ce programme passe par la BEI et le FEI pour proposer des prêts, des garanties et des instruments de capital-risque – pas des subventions directes. Un porteur de projet n’y accède pas en déposant un dossier : il passe par un intermédiaire financier (banque partenaire BEI, fonds régional de garantie).

Ce mode concerne généralement les intermédiaires financiers et les organisations internationales. Pour la grande majorité des porteurs de projets français – associations, collectivités, PME, organismes de formation – la gestion indirecte n’est pas le bon guichet.


Comment savoir de quel mode relève VOTRE financement ?

Trois questions suffisent pour s’orienter :

1. Le programme que vous visez est-il FEDER, FSE+, FEADER, FEAMPA ou FTJ ? → Si oui : gestion partagée. Contactez votre autorité de gestion régionale ou nationale. Consultez la page de chaque programme européen 2028-2034 pour identifier le bon interlocuteur.

2. Le programme est-il Horizon Europe, Erasmus+, LIFE, CERV, EU4Health ou Digital Europe ? → Si oui : gestion directe. Rendez-vous sur le Funding & Tenders Portal (ec.europa.eu/info/funding-tenders).

3. Vous cherchez un prêt ou une garantie plutôt qu’une subvention ? → Si oui : probablement gestion indirecte. Renseignez-vous auprès de la BEI ou des intermédiaires financiers régionaux (banques partenaires, fonds de garantie).

En cas de doute, la page de chaque programme sur ce site précise le mode de gestion et l’interlocuteur compétent.


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Ce qui change en 2028-2034

La programmation européenne 2028-2034 introduit une nouveauté structurelle majeure côté gestion partagée : le PPNR (Plan de Partenariat National et Régional).

Le PPNR regrouperait dans un plan unique par État membre l’ensemble des politiques traditionnellement gérées en partenariat : cohésion (FEDER, FSE+), PAC (agriculture), pêche (FEAMPA), et désormais aussi migration et sécurité intérieure. Cette consolidation simplifierait la programmation – mais conserve intégralement la logique de délégation aux États membres et aux régions. La gestion partagée reste la gestion partagée.

La nouveauté de fond, c’est le mode de versement. Inspiré du Mécanisme pour la reprise et la résilience (MRR), le PPNR introduirait des paiements liés à des jalons et cibles de performance – et non plus seulement au remboursement de dépenses justifiées par des factures. Pour les porteurs habitués à la logique de remboursement sur justificatifs, c’est un changement de paradigme à anticiper.

Du côté de la gestion directe, rien ne bouge. Selon la proposition de la Commission européenne du 16 juillet 2025, Horizon Europe, Erasmus+, LIFE, CERV et Digital Europe restent des programmes à gestion directe, hors du périmètre du PPNR. Les porteurs continueront de candidater via le Funding & Tenders Portal.

Important : les règlements sectoriels qui préciseront les modalités exactes – taux, critères d’éligibilité, conditions de versement – sont attendus pour 2027. Tout ce qui concerne 2028-2034 reste conditionnel jusqu’à leur adoption.


Mini-glossaire

Autorité de gestion (AG) : organisme désigné par l’État membre pour gérer un programme en gestion partagée. En France, les conseils régionaux sont AG pour la plupart des programmes FEDER-FSE+ régionaux. L’AG publie les appels à projets, instruit les dossiers et contrôle l’utilisation des fonds.

Agence exécutive : entité créée par la Commission européenne pour gérer des programmes en gestion directe. Les 6 agences exécutives actuelles – ERCEA, REA, EISMEA, CINEA, EACEA, HaDEA – gèrent la quasi-totalité des programmes de recherche, d’éducation, d’environnement et de santé.

Funding & Tenders Portal : portail en ligne de la Commission européenne (ec.europa.eu/info/funding-tenders) centralisant tous les appels à propositions en gestion directe. Obligatoire pour candidater à Horizon Europe, Erasmus+, LIFE, CERV, Digital Europe, etc.

Consortium : groupement d’au moins deux organisations – souvent 3 ou plus, issues de pays différents – qui candidatent ensemble à un appel à propositions en gestion directe. Requis pour la majorité des appels Horizon Europe et Erasmus+.

Appel à projets / appel à propositions : procédure par laquelle une autorité de gestion (gestion partagée) ou une agence exécutive (gestion directe) invite les porteurs à soumettre une candidature dans un délai fixé. Les deux termes sont souvent utilisés indifféremment, mais « appel à propositions » est le terme officiel en gestion directe.

Programme opérationnel (PO) : document stratégique adopté par la Commission et l’État membre définissant les priorités et l’utilisation des fonds en gestion partagée pour une période donnée. Chaque région française dispose de son propre PO FEDER-FSE+.


FAQ

Quelle est la différence entre gestion partagée et gestion directe des fonds européens ?

En gestion partagée (~70 % du budget UE), la Commission délègue la gestion à des autorités nationales ou régionales. Le porteur de projet s’adresse à son autorité régionale ou nationale, dépose son dossier en français sur une plateforme nationale, et signe une convention avec l’autorité de gestion. En gestion directe (~20-30 % du budget), la Commission gère elle-même via ses agences exécutives. Le porteur candidate directement sur le Funding & Tenders Portal, souvent en anglais et en consortium transnational.

Quels fonds européens sont en gestion partagée ?

En 2021-2027, les fonds en gestion partagée sont : le FEDER (Fonds européen de développement régional), le FSE+ (Fonds social européen +), le Fonds de cohésion, le FEADER (développement rural), le FEAMPA (pêche et affaires maritimes) et le Fonds pour la transition juste (FTJ). Ces fonds représentent environ 70 % du budget de l’UE. Pour 2028-2034, le PPNR (Plan de Partenariat National et Régional) regroupera ces fonds dans un plan unique par État membre – toujours en gestion partagée.

Peut-on candidater seul à un programme en gestion directe ?

Cela dépend du programme et de l’appel. Certaines bourses individuelles – ERC Starting Grant, ERC Advanced Grant, bourses Marie Skłodowska-Curie individuelles – s’adressent à un chercheur seul ou à une équipe d’un seul établissement. En revanche, la majorité des appels Horizon Europe collaboratifs, Erasmus+ et CERV exigent un consortium d’au moins 3 partenaires issus de 3 pays membres différents. Vérifier les conditions de chaque appel sur le Funding & Tenders Portal.

En 2028-2034, Horizon Europe et Erasmus+ resteront-ils en gestion directe ?

Oui, selon la proposition de la Commission européenne du 16 juillet 2025. Horizon Europe, Erasmus+, LIFE, CERV et Digital Europe restent des programmes à gestion directe, hors du périmètre du PPNR. Les porteurs de projets continueront de candidater via le Funding & Tenders Portal. Les modalités précises seront confirmées dans les règlements sectoriels, dont l’adoption est attendue en 2027.


Pour aller plus loin

Sources officielles :



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